商标使用费收费通知中怎么进行扣费

1、企业实际发生的与取得收入有关的、合理的支出，包括成本、费用、税金、损失和其他支出，准予在计算应纳税所得额时扣除。企业与其关联方之间的业务往来，不符合独立交易原则而减少企业或者其关联方应纳税收入或者所得额的，税务机关有权按照合理方法调整。
2、法律依据：
《企业所得税实施条例》第一百二十三条
规定企业与其关联方之间的业务往来，不符合独立交易原则，或者企业实施其他不具有合理商业目的安排的，税务机关有权在该业务发生的纳税年度起10年内，进行纳税调整。综上所述，子公司使用母公司的商标所支付的商标使用费，母公司应当按照企业间的独立交易原则来确认收入，子公司支付的商标使用费只要符合关联企业之间的规定，就可以按计入费用在税前扣除。