交通事故后被告已垫付费用的返还如何处理

直接起诉。
交通事故责任者对交通事故造成的损失，应当承担赔偿责任。承担赔偿责任的机动车驾驶员暂时无力赔偿的，由驾驶员所在单位或者机动车的所有人负责垫付。此种责任是一种垫付责任，垫付责任的法律特征是：
(一)垫付责任的发生以驾驶员负有侵权损害赔偿责任为前提，而且此种责任仅限于金钱给付责任。
(二)垫付责任的承担须以驾驶员无力承担侵权损害赔偿责任为前提垫付责任类似于一般保证责任，垫付责任人对受害人享有先诉抗辩权，只有当驾驶员即实际侵害人资力不济，无力承担赔偿责任时，垫付责任人方承担垫付责任。实践中为了减少诉累，受害人多将驾驶员与垫付责任人列为共同被告。但应注意，虽然二者均为被告，但应明确，只有在查明驾驶员无力承担责任时，方能判决垫付人承担垫付责任。因此，在一定意义上讲，垫付责任是一种填补责任，补足驾驶员无力承担之部分，以减轻受害人的损失，其既不是为减轻驾驶员的责任，也不是惩罚垫付责任人，而是一种衡平利益的责任。
(三)垫付责任的承担以驾驶员与垫付责任人具有特定的关系为前提由于垫付责任人不是真正的侵权行为人，由其承担民事责任只是为了减轻受害人的损失，因此此责任的承担应严加限制，仅限于发生在具有特定关系的主体之间。