马来龟的形态在龟科中可算较独特的了。其外形总的来说有些像大头乌龟。最为突出的是它的头部宽大,吻钝,双颚粗壮,枕后的咬肌发达,使整个头部都显得强而有力。背甲长圆形,中等隆起,具明显的三棱,侧棱与中央脊棱靠近,离缘盾较远。缘盾光滑,不呈锯齿状。四肢具蹼,尾短小。
马来龟整个龟看起来为黑白两色的。头顶光滑,深黑色,向后至枕部,着生有大片的枕鳞,并与前方光滑的头顶以一双弧形的界线截然相分。再向后,颈部为灰黑色。头颈的下方为较浅的深灰色。自吻端上方经头顶边缘,过眼上方至眼后上方有一白色条纹,稍有间断,继而自眼后上方沿颈上部一直向后伸展,逐渐变宽。另一条纹从吻端与上述条纹相连,并从眼前斜向下至眼前下方沿口裂上方过眼下一直伸向后,亦为白色。
马来龟从侧面看,白色条纹在头侧围成缺少一边的长方形。从正面看则似眼镜框架。鼻孔周围有竖直的白色细条纹,4-6条,有大有小,有的形成m形。头侧的两条白纹间一般无斑,但有的个体会出现断续不连的白斑。
马来龟的眼十分奇特。一般龟都是淡色的虹膜中央有一黑瞳孔,或贯穿瞳孔有一黑线,但马来龟则在虹膜上环瞳孔有一圈线纹,眼睑周边也由断续白线环绕整个眼睛,如同打靶的靶环一样,黑白相间,呈同心圆状。下颌粗壮上弯镶于上颚的缺口内。下颌也有两白色条纹一直向颈腹伸展,在颈下还有一些灰白色小斑点。
马来龟背甲在潮湿的时候,呈黑色,并光亮,干时略发褐色,缘盾边缘黄色。有的个体背甲不呈黑色,几乎是红褐色或栗子皮色。通常,在肋盾与缘盾接缝处,即龟甲新生长处,色淡,有的呈黄褐色,远看似有一圈淡色环纹。腹甲黄色或淡黄色,缘盾下方及甲桥亦然,且在每块盾片上均有近似于三角形的灰黑色斑块。四肢灰色,有些棕黄色不鲜明的碎斑纹,指趾背具黄斑。尾背亦有黄斑,有的尾梢都是黄色的。
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