强奸罪撤诉应该如何处理

1、强奸罪是公诉案件，被害人不能撤诉。案件一旦被公安机关立案侦查，就正式进入刑事诉讼程序。经过侦查—审查批准逮捕—审查——审判—执行，如果证据确实、充分，应当对犯罪分子定罪量刑。如果证据不足或者没有证据证明犯罪事实发生，公安机关可以撤案，检察院可以不，可以作无罪判决，这几种都是终结诉讼的方式。
2、法律依据：《刑事诉讼法》
第一百六十三条 在侦查过程中，发现不应对犯罪嫌疑人追究刑事责任的，应当撤销案件;犯罪嫌疑人已被逮捕的，应当立即释放，发给释放证明，并且通知原批准逮捕的人民检察院。
第一百七十七条 犯罪嫌疑人没有犯罪事实,或者有本法第十六条规定的情形之一的,人民检察院应当作出不决定。
第两百条 在被告人最后陈述后，审判长宣布休庭，合议庭进行评议，根据已经查明的事实、证据和有关的法律规定，分别作出以下判决：
(一)案件事实清楚，证据确实、充分，依据法律认定被告人有罪的，应当作出有罪判决;
(二)依据法律认定被告人无罪的，应当作出无罪判决;
(三)证据不足，不能认定被告人有罪的，应当作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。