1、外表形状颜色不同方瓜属葫芦科植物。茎蔓生，呈五棱形，无刚刺。叶五角状心脏形。花冠裂片大，黄色，分雌雄。果长圆、扁圆等形，果面平滑或有瘤，老熟后有白粉，夏末秋初果实成熟，呈红黄、黄褐、红褐、黄白等各色。

2、南瓜，茎常节部生根，叶柄粗壮，叶片宽卵形或卵圆形，质稍柔软，叶脉隆起，卷须稍粗壮，雌雄同株，果梗粗壮，有棱和槽，因品种而异，外面常有数条纵沟或无，种子多数，长卵形或长圆形。

3、生长习性不同，方瓜抗病性强，适应性强，凡种植西瓜、甜瓜的地区均可种植。南瓜是喜温的短日照植物，耐旱性强，对土壤要求不严格，但以肥沃、中性或微酸性沙壤土为好。

4、用途不同，方瓜性温、味道甘甜，其健脾暖胃、补气的效果很是明显，其次方瓜还具有解毒、消炎、杀虫以及能够止痛等作用，南瓜所含果胶可以保护胃肠道黏膜，免受粗糙食品刺激，促进溃疡面愈合，适宜于胃病患者。南瓜所含成分能促进胆汁分泌，加强胃肠蠕动，帮助食物消化。