细菌不可以保存为化石是错误的。科学家曾在35亿年前的古老地层中发现了类似蓝细菌的化石。蓝细菌比大部分细菌都大,能够分泌一层薄薄的细胞壁。最重要的是,蓝细菌能够形成大的层状结构,这种结构被称为叠层石。如果将这种叠层石磨成薄薄的片,在其中可能发现保存精细的蓝细菌和藻类化石。
除了蓝细菌以外,化石细菌的数量并不多。在特定的化学条件下,细菌细胞被无机盐取代后,形成活细胞的复制品或者假晶。一些细菌能够分泌铁质的外鞘,有时也能形成化石。
有些细菌可以钻入动物的外壳或岩石中,在壳内或岩石中形成微小的管道,因此可以通过分析不同时期动物外壳化石的这些管道间接认识它们。另外,琥珀中通常能保存大量精美的细菌,有些细菌甚至经过亿万年之后还能存活。
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